In de periode dat Eierland werd aangelegd, rond 1835, had de RK kerkgemeenschap in De Cocksdorp en in de polder 70 leden. Dat jaar gaf de regering toestemming tot de bouw van een RK kerk en schonk een subsidie van 4.000 gulden, maar de leden hadden onvoldoende eigen middelen. Daardoor kon de bouw pas beginnen in 1876.
In april 1855 verhief de bisschop de bestaande statie tot parochie. De grens van de parochie liep van het dorp tot de polder Waalenburg. De RK gemeente werd samen met Vlieland één parochie en de pastoor van die kerkgemeenschap werd Corn. van Staveren die tot 1861 bleef. Zijn opvolger werd kandidaat Reinier Aarnout van Deursen. In diens periode vond de bekrachtiging van het feitelijk bezit van een begraafplaats plaats (1862) door het ministerie van Zaken.
In 1875 werd grond voor de RK kerk gekocht. De kruisbalken en crucifix kwamen van aangekocht wrakhout. De bouw duurde vanaf de start in 1876 precies een jaar tot maart 1877 toen de inwijding plaatsvond van de RK kerk St. Franciscus Romana aan de Molenlaan.
N.J. de Cock adviseerde erwtenstro op de grond te leggen als vloerbedekking (zie een eerdere dergelijke opmerking bij de eerste katholieke kerk in het dorp). Inmiddels was de kerkgemeenschap aangegroeid tot 243 parochianen. De nieuwe RK kerk werd door de Deken uit Schagen, A. C. Schweitzer ingewijd. In 1879 werd de oude kerk verkocht voor 200 gulden.
Tegen de eeuwwisseling was er een economische crisis en veel mensen, dus ook RK-parochianen, verlieten Eierland. Om de vijf tot acht jaar verruilden de pastoors hun standplaats. Het was in de periode van pastoor C.de Bruyn die in 1899 meemaakte dat Michiel de Graaf sr. zeven gebrandschilderde ramen aan de kerk schonk, ontworpen door architect Henri Smits te Haarlem.
In 1927 werd een elektrische installatie aangebracht in de RK kerk als cadeau in verband met het 50-jarig bestaan. In die tijd liet de pastoor zich met paard en wagen vervoeren, gereden door boer Jaap Reuvers van Weltevreden. Een tochtje voor enkele bezoeken door de polder kostte pastoor Berkhout dan 1,60 gulden.
In 1931 ontving Giel de Graaf voor het feit dat hij 25 jaar in het Armbestuur zat een Pauselijke Onderscheiding. In hetzelfde jaar kocht de RK Kerk het naastgelegen pand, een café voor de verhuur. Huurder werd G. Zoetelief Pzn. In De Cocksdorp werd een kloostertje opgericht, Maris Stella geheten, dat dienst deed tot 1957.
Tijdens de oorlog stelde pastoor Riswick het eeuwfeest van de RK-gemeenschap uit. In datzelfde jaar 1942 werd de kerkklok door de Duitsers meegenomen: 174 kilo brons… Tijdens de beschieting door de Noordbatterij nabij Paal 28 van het dorp op 8 april 1945, anderhalve dag nadat de Georgiërs in opstand waren gekomen, werden de beide kerken in het dorp zwaar beschadigd. De RK kerk verloor zelfs de toren. Oude ansichtkaarten uit 1945 leveren nog het bewijs.
In de periode 1950-2000 kregen de twee kerken van De Cocksdorp na 1975 te maken met teruggaand kerkbezoek van de leden en een toenemend kerkbezoek door toeristen. In 1951 verkocht de RK kerk het café-restaurant De Nieuwe Aanleg en een jaar later vierde de pastoor zijn 25-jarig priesterfeest. Prominent aanwezig waren dokter Feikema uit De Cocksdorp en burgemeester C. de Koning.
In 1957 hoorde de afdeling Vlieland niet langer bij de Durper parochie. De tijd veranderde sterk, de pastoor werd vanaf 1967 pastor genoemd, kapelaans assisteerden niet langer de pastor. In 1970 werd het priesterkoor aangepast en gemoderniseerd en voor het eerst vond op het dorp een gezamenlijke kerkenveiling plaats ten bate van de twee kerken. Deze bracht 8.600 gulden op hetgeen een zeer hoog bedrag was voor die tijd.
Het eeuwfeest in 1977 van de St. Francisca Romana werd groots gevierd met als hoogtepunt het bezoek van Monseigneur Th. Zwartkruis, een hooggeplaatste kerkvorst en tevens landelijk bekend van radio en tv.
Na 1980 was de pastorie niet bewoond door een eigen pastoor. Het echtpaar F. Stolk nam er zijn intrek. Zij vormden het kostersechtpaar en stelden op bepaalde dagen de kerk overdag open voor bezoekers.
In 2002 werd het 125-jarig bestaan herdacht. De samenwerking met andere christelijke gemeenten werd gecontinueerd en oecumenische diensten vonden over en weer plaats.
